薪酬体系相对其他几项机制较为容易操作，主要由基础报酬和绩效奖金以及各种补助构成。基础报酬根据职位设置若干层级；绩效奖金与业绩评估挂钩；补助只要企业推出的方案符合职工期望就能产生激励效果。此外还需考虑基础报酬与绩效奖金及补助之间的分配比例。
缺乏战略性
薪酬待遇及其相关事务对雇员及公司均有深远作用，但薪酬体系的中心任务在于协助公司达成其运营与治理方向，必须从长远规划出发，契合组织的整体蓝图。公司随发展阶段变化，所需的薪酬制度亦不同。所以，在着手制定薪酬方案时，必须先思考怎样让薪酬方针与公司的全局规划紧密配合。
许多中小型企业并未从公司整体规划的高度来构建工资制度，而是单纯讨论薪资问题，将薪酬当作一个孤立目标，忽略了怎样制定报酬方案最有助于达成公司目标，以及怎样激发员工的最大潜能和热情。
未深入薪酬调查
一个公司的薪资待遇好坏，显然会直接关系到它在人才市场上的招募能力大小。通过薪酬调查，可以掌握同行业其他公司的薪资状况，这有助于确保公司薪酬既有外部竞争力，又能内部公平。借助薪资行情调研，能够掌握行业薪资状况，审视并剖析公司各个职位的薪资状况，进而审视并剖析公司各个职位薪资状况的适当性，以便维持公司薪资体系的对外竞争优势。调查公司雇员对薪资的满足程度，能够掌握他们对于公司薪酬制度的看法和愿望，能够明白他们如何看待薪资分配的公正性，能够知道他们是否觉得公司对外保持公平，雇员的报酬是否和市场基本持平，是否和他们的工作价值基本对等，是否和个人价值，与个人、团队或部门的成绩基本匹配。
许多小规模公司仅大致了解行业整体薪资状况。管理者确定员工报酬多凭个人感觉，时常随意调整，有时连预先设定的薪资都不按标准支付，严重影响了员工的劳动热情。公司在人才引进方面的优势也会因此减弱。
与工作绩效的关联度太小
薪酬机制想要实现其促进效果，必须有一个基本条件，那就是要建立在公正根基上。公正观念指出，员工对回报是否感到满足，取决于他们是否觉得公平，只有认为回报合理，才会获得满足，进而激发动力。将薪酬与工作成果相联系，是有效薪酬机制的核心准则，一个出色的薪酬计划必然是公正的。
部分公司虽然设立了评估规范，却从未真正施行，实际评定时随意性很大，掺杂不少个人偏见。这使得工资分配缺乏公正性，员工因此感到非常失望，不仅无法激发工作积极性，反而削弱了工作热情。
透明度过低
薪酬保密机制能够防止工友间就薪资水平进行对比，也能降低因收入分配失衡而引发的摩擦，从而有助于巩固管理者的威信。不过，薪酬保密机制使得收入与工作表现之间的关联变得不明确。依据公平理论，工作积极性不仅受到绝对公平的影响，还受到相对公平的影响。人们往往高估同僚和部下的报酬，却低估上级的薪酬，因此实际的收入差距被缩小了，导致激励作用减弱。
许多公司选择对薪资进行严格保密,这种做法容易造成同事之间、员工与上级之间的不信任,降低员工对收入分配合理性的认知,还会让员工感到不被重视,好像自己不属于这个集体。这种状况会削弱公司同员工之间的信赖关系,破坏员工对组织的认同感。
