相对其他几个模块而言, 薪酬管理显得较为简单些, 它不过是由固定工资、浮动工资以及福利共同构成。固定工资方面, 为每一个岗位划分出几个恰当的等级；浮动工资与考核相互结合；福利这块, 只要公司所提出的项目能够满足员工需求, 便能够起到一定的激励作用。再有就是涉及固定工资、浮动工资以及福利的比例问题。
缺乏战略性
虽说薪酬以及薪酬管理对员工和企业而言都有着重大影响, 然而薪酬管理的根本目的是助力企业达成其经营与管理目标, 得从战略层面契合企业战略需求。企业于每个不同的发展阶段, 都需要不一样的薪酬管理。所以, 在开展具体的薪酬设计之前, 就一定要思索怎样让薪酬战略切实有效地融入企业的整体战略。
许多中等规模及小型企业, 并非从企业整体战略的视角着手去设计薪酬管理体系, 而是局限于薪酬本身来讨论薪酬, 将薪酬视作一种目的, 却未关注到底怎样的薪酬才最有益于达成企业战略, 以及能最大程度地激发员工的主动性与积极性。
未深入薪酬调查
企业支付薪酬水平的高低, 无疑会直接影响企业在劳动市场获取劳动力能力的强弱。薪酬调查是了解市场通行工资水平的手段, 它能解决企业薪酬对外竞争性与对内公平性的问题。通过薪酬市场调查, 可了解市场薪酬水平, 检查、分析本企业各岗位薪酬水平, 进而检查、分析企业各岗位薪酬水平的合理性, 以此保持企业薪酬分配的对外竞争力。经由企业员工薪酬满意度的调查, 能够知晓员工对企业薪酬管理的评价以及期望, 能明白员工对薪酬分配公平性的看法, 能清楚员工是否觉得企业做到了对外公平, 员工的薪酬是否跟市场大致相当，还要看是否与工作价值大致相当, 是否与个人价值、个人、所在小组或部门的业绩大致相当。
多数中小企业仅仅是大致地查考市场整体薪酬水准, 经营者针对员工的薪酬水准凭借个人的主观臆断, 常常任意变动, 甚而不依照事先所定的薪酬水准发放, 极大地打击了员工的工作积极性, 于对外招聘之际的竞争力亦会大幅降低。
与工作绩效的关联度太小
薪酬制度若要有效发挥其激励作用, 存在一个前提条件, 这个前提条件是建立在公平基础之上。公平理论表示, “公平感属于员工对奖励产生满意与否的一个中介因素, 只有在人们觉得奖励是公平的时候, 才会萌生满意之感, 进而激发动机”。薪酬跟绩效相挂钩, 这是有效薪酬制度的一条基本原则, 优质的薪酬方案必定是公平之处。
一部分中小企业制订了绩效考核制度, , 然而却如同虚而不实的摆设, 于考核绩效之际压根儿不依照制度去施行, 掺杂进诸多主观方面的因素。进而致使薪酬管理具备的内部公平性遭受破坏, 令员工极其不满意, 没能达成激励员工所具备的创造性, 反倒削减了对工作怀有的热情。
透明度过低
保密薪酬制能够避免员工之间于薪酬层面展开毫无意义的持续攀比, 进而减少因分配不均衡而滋生的矛盾, 这总体利于维护进行管理时所具备的权威性。然而, 保密薪酬制却使得收入和绩效之间的联系变得模糊不清。公平理论向我们揭示, 激励这一行为不但受到绝对公平状况的影响, 而且还会受到相对公平态势的左右。人们通常会倾向于高估同事以及下属所获取的工资额度却又低估作为上司所获得的工资数额, 如此一来, 实际存在的工资差距便被人为缩小了, 从而大大削弱了能产生激励作用的良好效果。
大量中小企业都施行保密制薪酬管理, 这样的薪酬制度极易引发员工彼此间、员工对管理者方面的猜疑, 会降低员工对于薪酬的公平感以及满意度, 会致使员工产生不信任感还有一种身处局外的感受, 进而影响了企业跟员工以及员工与员工相互间的信任感, 破坏了员工对企业所拥有的那种归属感。
